FreeSurfer下载与安装
秋月斋人
子曰:“工欲善其事,必先利其器。
居是邦也,事其大夫之贤者,友其士之仁者。”
——孔子(春秋)《论语·卫灵公》
前两期概要的讲述了FreeSurfer的功能及历史,这一期将揭开FreeSurfer的面纱,介绍在本机上安装配置FreeSurfer的步骤:
1. 系统需求SystemRequirements
2. 注册Registration
3. 下载Download
4. 安装Installation
5. 安装配置SetupConfiguration
6. 测试TestingFreeSurfer
1. 系统需求
FreeSurfer目前仅支持Linux和Mac OS X操作系统,但是在Windows系统下如果安装了VirtualBox也是可以使用的,只不过运算速度要慢一些。在官网的下载页面列出所有可以运行FreeSurfer的平台。如果是需要运行FS-FAST组建则还需要用到Matlab。需要声明的是,Matlab在重建的阶段是不需要的。
计算机的配置建议不低于:2GHz的CPU,至少4G的RAM,OpenGL加速的3D独立显卡。内存和CPU决定了运算的效率,强烈推荐8G的内存。FreeSurfer支持多核和并行计算,所以,如果你想要同时进行几个被试的重建,计算机CPU和内存的的配置就要相应的成比例增加。比如当需要同时处理四个被试,计算机至少是4核16G内存的。
关于显卡:当前大部分的视频显卡都满足要求,但要注意,集成显卡在重绘速率上明显慢。目前,运行FreeSurfer最好的显卡是NVidia显卡。尽管FreeSurfer引入了对一些GPU的支持,但是就现在的版本来说,配置GPU是没有太多必要的。
关于硬盘:FreeSurfer完全安装版占用8.5GB的硬盘空间,其中包括FreeSurfer库,支持库,MINC工具集以及一些MRI示例数据。通常一个经FreeSurfe…