“蒙惠者虽知其然，而未必知其所以然也。” ——朱熹《建宁府建阳县长滩社仓记》 1. recon-all操作 recon-all这条命令是FreeSurfer的核心命令之一，它用于完成FreeSurfer皮质重建的部分或全部过程。 在开始前，需要将结构图像存入具有层次的目录中，并且设置好环境变量。举个例子，subject的结构图像存在名为structural的文件夹下，你要给每个subject分别建立子文件夹，比如：SUBJ1，SUBJ2，CON14等。然后拷贝结构图像到structural/SUBJ1/mri/orig/001.mgz。假如这个subject还有其他的图像，那么继续拷贝过来，比如002.mgz。（注：如果源文件格式不是.mgz的，请进行转换。） structural |--SUBJ1 |--mri |--orig |--001.mgz |--002.mgz 在Linux系统中打开终端，开启tcsh tcsh setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh recon-all -i 66540045 -s study -all 其中 recon-all -i <指定DICOM序列中的一片> -s <给subject起名> -sd <指定subject存放的文件夹> -all 注：本专栏后续的操作都将以Linux为例。 recon-all是一个批处理程序，运行时间较长，在普通性能的电脑上一个subject要花费20个小时的时间。当然，电脑配置越高recon-all执行的时间越短。在笔者的实验室中所用到的电脑是ThinkCenterM8300t（酷睿i7 2600四核处理器，8G内存，1G的独立显存），在这个配置上跑su…