内容简介 本书系统地介绍使用treeio、tidytree、ggtree和ggtreeExtra等R软件包操作系统发育树的全套流程，包括对树文件的解析，以及树与其相关数据的操作、整合、可视化等内容。 本书由余光创撰写，旨在为系统发育树的操作与呈现提供指导。如果读者需要进行系统发育树的相关操作，却又觉得无从下手，那么这本书会提供很大的帮助。关于系统发育树的大部分问题，都能在本书中找到答案。 关于作者 余光创，生物信息学教授，在香港大学公共卫生学院获得博士学位，现任南方医科大学生物信息学系系主任。作为一位活跃的R语言用户，他编写了许多R软件包，如aplot、badger、ChIPseeker、clusterProfiler、DOSE、emojifont、enrichplot、ggbreak、ggfun、ggimage、ggplotify、ggtree、GOSemSim、hexSticker、meme、meshes、nCov2019、plotbb、ReactomePA、scatterpie、seqmagick、seqcombo、shadowtext、tidytree及treeio，同时指导学生开发了一系列R软件包，如ggmsa、ggtreeExtra、MicrobiomeProfiler及MicrobiotaProcess等。 他的课题组旨在通过开发新的软件工具和对生物医学数据的新分析，对人类健康及疾病产生新的见解。他的课题组开发的软件包能够帮助生物学家分析数据，并揭示隐藏在数据之中的生物学线索。 余光创发表了多篇期刊论文，包括5篇高被引论文\(^{［1-5］}\)，被引用超过了10000次。其关于ggtree的论文\(^{［1］}\)被选为专题文章，以庆祝Methods in Ecology and Evolution期刊创刊10周年。他连续两年（2020年和2021年）…