达芬奇和他的后人们，历代守护着手稿，信奉着生而为人的神圣，与暗夜抗衡。
第一段故事围绕达芬奇的秘密城，他用《维特鲁威人》手稿描绘了奇绝的城市蓝图，却深陷热那亚和佛罗伦萨的百年恩怨，苦苦寻找一片与秘密爱人卡肖佩尼亚的乐园。
第二段是千年后的近未来，塑料污染蔓延之后，渐渐失去生育能力的人们将目光投向了散逸已久的《维特鲁威人》残稿，试图在茫茫污染中寻找到一线生机。
第三段跨越到天空之城时代，茱莉亚诺在黄恺仑的背叛下绝望，彻底黑化。在她的暴政下，天空之城联盟蚕食着资源，继承达芬奇手稿的黄氏家族一直经营着百足虫之城，宿怨最终逼迫这个家族的两代人，和茱莉亚诺展开一场实力悬殊的较量。
