星际舰艇『时空行者』回归太阳系，却检测到地球已然经历末日级别的灾难，文明毁于一旦。来历不明却有特殊能力的马斯特博士通过检测包裹在地球表面的大量时间类型『以太粒子』，追踪到了灾难发生的年代，执行舰长则使用『时间』力量穿越回到了地球纪年百年以前。在主角两人正要被在逃嫌犯横冲直撞的车辆冲击时，舰长使用『空间』能力将人工智能『莉雅』和两位主人公一同送到了『第零号宇宙』，两位主人公的异世冒险之旅就此展开。
