故事从小Y的一本日记开始，这本日记就叫巫女日记。其中详细记载了巫女来人间后的每一个细节。“人类总是太狂妄，只相信自己。”人类在迷失的路途中已经走得太远了，人类的精神和灵魂都在经历着腐蚀的痛苦，如果再走下去必然会灭亡。
在我们生存的空间以外还有很多平行存在的空间，由不同的神界的统治者掌管。阿梅尔巫女本是掌管原灵界精灵的精灵女神，被自己的姐姐陷害，沦落到正灵界，成为巫女。为了重返原灵界，她开始去人间作为一个人类，努力完成主司所托付的使命：拯救人类堕落的灵魂。当阿梅尔站在巫女的高度俯视人类，觉得人类的本性中有很多的瑕疵，可是真正当她回头看自己的时候，才发现谁的灵魂都不可能完美，包括她自己。
