3021年，人类生活在孤洲之上。
人机大战将人类逼退至大洋洲生存，旧制度消失，人类联盟建立，科技水平退化，生物科学却迅猛发展，基因工程技术达到前所未有的高度。人类进入神的领域创造生命。同时人类渴望重回故土，重拾荣耀，坚持研发对抗机器的新型武器。
在人机大战的100年后，新型武器是否投入战场，与机器作战。成为人类联盟议会争论的焦点。
人造生命作为奴隶成为人类社会不可或缺的一部分，他们外表异常，被贬称为异种怪物奇美拉，比动物更低级。不堪奴役逃脱的奇美拉由SORK机构的特勤人员进行捕杀。R作为机构中的精英对Homunculus系列代号14的人形兵器进行追捕，故事就开始于此。
